两种学位在培养目标上有显著差异。学术学位强调学术导向，主要面向学科专业需求，为高校和科研机构培养开展科研与教学工作的高层次学术型专门人才。其中，学硕学习经历主要是为继续攻读学术博士学位做准备，且发展趋势为推进硕博贯通培养，实行培养方案一体化设计。

相较之下，专业学位强调应用导向，主要针对特定职业领域需要，为经济社会产业部门培养能够承担专业技术或管理工作、具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。其中，专硕学位一般不直接通向博士学习阶段，而是把学生引向具体职业，将所学行业产业的扎实基础理论与系统专门知识应用于生产实践中。

由于培养目标的差异，两类研究生在培养模式上将避免同质化。学术学位教育突出科教融合育人，以知识创新精神和创新能力的培养为重点，注重系统科研训练。

专业学位教育则以产教融合培养为鲜明特征，强调培养与职业相关的实践创新能力，推进与职业资格衔接，突出实践教学。行业企业力量会有效参与人才培养过程，比如共同制定培养方案、联合编写精品教材、研制职业资格标准、构建双师型导师队伍等。

学位论文亦会强化应用导向，比如硕士专业学位论文的内容可以是调研报告、规划设计、产品开发、案例分析、项目管理、艺术作品等，博士专业学位论文则指向在专门技术上做出应用创新性的成果。